மதுரையிலிருந்து சோழவந்தான் செல்லும் வழியில், துவரிமான் அருகே அமைந்துள்ள இயற்கை வளம் மிக்கதும், வரலாற்றுச் சிறப்புகளால் நிரம்பியதுமான ஒரு கிராமம் தான் கீழமாத்தூர். ஏழாம் நூற்றாண்டில் மதுரையில் திருஞானசம்பந்தர் மற்றும் சமணர்களுக்கிடையே நடைபெற்ற புனல்வாதத்தின் போது, ஞானசம்பந்தரின் ஏடு வைகை ஆற்றில் விடப்பட்டது என வரலாறு கூறுகிறது.
அந்த ஏடு எதிர்திசையில் நகர்ந்து, கீழமாத்தூர் பகுதி அருகே வந்தபோது திடீரென பலத்த மணியோசை ஒலித்ததாக நம்பப்படுகிறது. இந்த அதிசய சத்தத்தை கேட்ட கிராம மக்கள் அப்பகுதியில் மண்ணை தோண்டியபோது, சுயம்பு லிங்கம் ஒன்று வெளிப்பட்டதாகவும், ஆனால் அதை முழுமையாக எடுக்க முடியாத நிலையில் “இது சிவனின் விருப்பம்” எனக் கருதி அங்கேயே கோவில் அமைத்ததாகவும் வரலாறு கூறுகிறது.
அடுத்த காலகட்டத்தில் மதுரை சோழர்களின் ஆட்சிக்குள் சென்ற பின்னர், மீண்டும் பாண்டியர் ஆட்சியில் வீரபாண்டியன் காலத்தில் இந்த கோவில் புதுப்பிக்கப்பட்டது. அப்போது அமைச்சராக இருந்த தென்னவன் கண்டன் சாத்தன் என்பவரால் கற்கோவிலாக வடிவமைக்கப்பட்டு, ஸ்ரீ கண்ட ஈஸ்வரர் கோவில் எனப் பெயரிடப்பட்டது.
கோவில் நிர்வாகத்திற்காக நிலங்கள் வழங்கப்பட்டதாகவும், அந்த தகவல்கள் இன்றும் கல்வெட்டுகளில் காணப்படுவதாகவும் கூறப்படுகிறது. குறிப்பாக வட்ட எழுத்து கல்வெட்டுகள் இந்த பகுதியின் வரலாற்றுச் சான்றாக விளங்குகின்றன. இத்தகைய கல்வெட்டு மரபுகள், இப்பகுதி பெயர் வரலாற்றோடு தொடர்புடையதாக கருதப்படுவதற்கும் காரணமாக உள்ளது.
கோவில் தெய்வங்கள் மற்றும் சந்நிதிகள்: இக்கோவிலில் பிரதான தெய்வமாக மணிகண்டேஸ்வரர் அருள்பாலிக்கிறார். அன்னை உமா மகேஸ்வரி அம்மனாக அருள்புரிகிறார். மேலும், ஸ்ரீதேவி – பூதேவி சமேத சுந்தரமாணிக்க பெருமாள்,
நவகிரகம், பைரவர், கருடர், ஆஞ்சநேயர், பிரம்மா, விஷ்ணு, லிங்கோத்பவர், தட்சிணாமூர்த்தி, காசி விசாலாட்சி போன்ற பல சந்நிதிகள் அமைந்துள்ளதால், இக்கோவில் ஆன்மிக வளத்தால் நிறைந்ததாக விளங்குகிறது.
கீழமாத்தூர் கோவில் மேலும் ஒரு தனிச்சிறப்பை கொண்டுள்ளது. இங்கு கேட்கப்படும் மணியோசை ஒலி மிக விசேஷமானது என பக்தர்கள் நம்புகின்றனர். அந்த மணியோசையை கேட்ட பிறகு இசை கற்றல் தொடங்கினால், இசையில் பெரிய முன்னேற்றம் கிடைக்கும் என்ற நம்பிக்கை காலம் காலமாக நிலவி வருகிறது.



